晋藩的军队在耿继茂屁股后面一路猛追，逼迫其放弃所有的军需物资和重型装备，特别是在增江边，顾荣率领的内河舰队的一支，仅凭舢板就是突袭了靖南藩打造的浮桥渡口，七座浮桥烧毁了五座，让三汉藩的渡河能力为降低，未免全军覆灭，三汉藩连战马都是弃了，让士兵先渡江前往广州，晋藩在增江东岸光是战马就缴获了一万七千多匹。
四月中旬，刘文秀和杜永和两部合兵三水县，把两广总督李栖凤部团团围困，李明勋与李定国亲率盟军抵达了广州城北，半个月的时间，盟军在广州周边聚集了超过八万精兵，而敌对的三汉藩加两广总督部加起来也只有不到六万人，抗清力量取得了兵力和技术的双重优势。
广州围城战暂未开启，陆军集中重炮支援三水，先打下三水，将盟军合兵一，而海军则与明军各部水师一起，清理珠江航道，为广州围城战打造成本最低也是最便捷迅速的后勤手段。
清军依旧在反击，对内河舰队造成困扰的不再是同样驾驶桨帆船清军水兵，而是本地的水鬼和汉藩释放的火攻船，清军在渔民之中招募水鬼，重赏之下，不少渔民应募，手持凿子和锤子的水鬼潜伏在航道中，凿沉战船，一艘舢板便是能换五十两银子，尚可喜给加列船开出了一千两的高价，可是柚木打造的加列船不是水鬼可以轻易凿穿的，但水鬼也造成了很的损失，黄蜚把擒杀的水鬼不论死活的挂在加列船两侧示众，还派遣士兵上岸，把水鬼的亲属一股脑全抓了砍头，血腥震慑住了贪婪，水鬼威胁变小。
而火攻船与海战中使用的不同，这些由渔船、筏子改造来的火攻船上根本没有人，装满了可燃物点燃顺流而下，部分时候，都无法造成损伤，加列船会用重霰弹击沉火攻船，而舢板小船要么躲避，要么用长杆推开，倒霉的是临水而居的本地居民，不少人家的船只、房舍就在河边，被四乱行的火攻船点燃不少，惹的民怨沸腾。
对付水鬼时还铁血无情的黄蜚祭出重赏的法宝，但凡拖拽一艘火攻船到岸边销毁，便能领取二十两的白银，一时间，珠江主航道里，上百艘民船出没，等着广州方向飘出火攻船。
汉藩没了招数，只能撤退，黄蜚率领内河舰队北上，直扑猎德炮台，这座炮台驻扎了近千清军，以绿营为主，陆战队还未出手，猎德炮台便是投降了，登陆的琼藩水兵一看，炮台里没有几门火炮了，部分的火炮送往了海珠、海印两座炮台，那是广州下游最后一道防线。
两座炮台都是江心岛，而且不是沙洲是白垩纪时期的巨石，清军围绕海岛修筑了城墙，在礁石上布设了炮台，两岛周边还有隐藏在水面下的礁石和各类浅滩漩涡，别说风帆战舰，就连快蟹都轻易靠近不得，平靖二藩分别驻守一座炮台，劝降是肯定不行了。
陆军出动了工兵参与了进攻，在重炮不能发挥威力的情况下，爆破是唯一的道路，最先遭遇攻击的是海印石上的东水炮台，工兵趁夜对围岛城墙进行了爆破，因为使用的是缴获清军火药，所以用量充足，不仅炸塌了城墙还把万历年间建造的海印阁震塌，量汉藩兵死于爆炸产生的冲击波和巨响，就连广州城中都引起了骚乱，爆炸之后，掷弹兵等上炮台，把混乱中的清军杀死。
对海珠石爆破就没有这么顺利了，清军加强了戒备，但海珠石长不过百米，最宽也不过五十米，驻扎的士兵不多，各部采取佯攻、爆破等手段连番骚扰，每次都由猎兵出击狙杀清军，连攻半个月，清军死伤过半，又得不到支援，最终被琼藩的水兵淹没，与海珠石一起攻破的还有三水县城，如此，目标只有广州一城，珠江水道完全对盟军一方开放。
而彻底取得水上控制权后，各路军集结一，围攻广州城，这个时候，琼藩与合众国出现了第一次重分歧。
按照约定，广州作为晋藩的藩地，晋藩应该是进攻的主力，如今晋藩汇聚在广州城下的兵力超过三万，也能担当起主力的责任，显然，担当主力就要承担最的伤亡，为了避免无谓的伤亡，李定国倡导劝降三汉藩。
李明勋不反对劝降，但在条件上，双方分歧很，按照合众国的法律三汉藩上到藩王，下到普通的藩下兵，全部都是汉奸，其本人和家属都要受到审判，佐领以上的将军是必死的，其余也有劳改和流放的惩罚，当然，如果在战争中投诚，可赎其罪，普通的士兵只会被抄没家产罢了。
而对于绿营来说，条件要宽松的多，主动投降就会获得自由，保全妻小私财。
显然，这种条件是无法让三汉藩投降的，李定国的条件就宽泛很多，投降免死保其妻小平安，家财如旧，至于那些汉藩将领，也可以在明军序列中任职，即便是耿、尚家族，也可以在云贵获得一片领地，世袭罔替。
晋藩与合众国的条件差距太了，好在双方都不能离开对方单独收拾三汉藩，因此也没有撕破脸，最终还是林士章从琼州府赶来调停，林士章以退为进，不管双方的条件，直接派人去广州联络，问三汉藩的条件。
尚可喜一开始提出的条件很狂妄，可以投降，奉永历为天子，宣布向明效忠，但需要广东全省作为藩地，当然，也可以宣誓向合众国效忠，但广东全省为藩地这个条件是不变的。
三汉藩没有诚意，那只能打到对方有诚意，盟军开始攻城，重炮摆在了广州城的东门，宋朝时广州有三城，分别是子城、西城和东城，三座城都有独立的城墙、护城河，到了明朝，经济发展，人口增多，把中间的城墙全部拆除，三城变一城后还向北规模的扩张，形成了现在的旧城。
因为泥沙淤积缘故，广州城的码头不断向南迁移，而商业贸易让南城区得到了较快的发展，成为了广州城的经济中心，在嘉靖年间的拓林镇兵变中，没有城墙的南城被洗劫，葡萄牙人帮着平定了乱兵，广州修筑了四四方方的城墙把商业区保护起来，也就是当时人称呼的新城。
从天空俯瞰，广州两城宛若铜钟一般，城市南面和西面靠近珠江，进攻难以展开，北面城墙则是在依越秀山修筑，也展不开兵力，东面有珠江支流改造的护城河，虽然宽阔，总比西面和南面好多了，唯一适合进攻的就是东北段城墙，这里的护城河有三十五米宽，是最窄的地方了，但东北段外全是当地农户的水稻田，陆军那动辄三四吨的重炮下了田就是陷入淤泥之中，而东门外则是原来的校场，地势平坦，毫无遮掩，最适合攻城炮发挥威力。
广州城墙十一米高，基座宽度同样是十一米，而顶部宽度超过了六米，无愧岭南雄城之名，这道城墙考验了陆军重炮营的实力，陆军没有把握，向海军求援，海军利用内河舰队，一次性就送来了六十门重炮，二十四磅的四十门，其余或是三十二磅，或者是三十六磅的，加上陆军两个重炮营和一个攻城炮营，一共有一百零八门重炮轰击，而海军还把清军炮台上那些杂七杂八的红夷炮运来，将重炮数量提升到了一百五十门，一次齐射就能投射超过两吨的炮弹，别说三汉藩，满清所有的军队都没有见过如此力的火力。
一百五十门火炮分成了三个火炮集群，加农重炮分两个集群摆在前面，臼炮和红夷炮则在后方，炮群把目标选定为了广州旧城，汉藩入粤之后，平靖二藩的王府都在旧城之中，相应的将帅士兵也扎堆于此，旧城约有十四万人，不是二藩亲属就是依附于二藩的商贾士绅，炮击他们总归要比炮击新城那些无辜商贾百姓要强的多。
两个加农炮群在六百米的距离直射东北角的城墙，而后面的臼炮则以最仰角得到的最射程轰击旧城内的一切建筑，红夷炮也是如此，炮手都是清军俘虏，让他们使用的是烧熔弹，各类被烧红的炮弹飞进旧城，引发一场又一场火灾，炮击进行了三天，尚可喜再次派人谈判，全省藩地的要求降低到除粤西、香港之外的广东省，无论晋藩还是合众国都是不满意，继续炮击。
又是炮击了两日，东北城墙已经塌陷，倒塌的城墙土方甚至填充了部分护城河，形成的坡道可以让士兵直接冲进去，尚可喜的使者第三次来，这一次又把潮州交出去，然而依旧得不到满意。
晋藩和陆军进行了一次合作佯攻，陆军把三十门二十四磅榴弹炮摆在了前沿，晋藩的跳荡精兵对东北坍塌段进行了佯攻，汉藩只能动用兵力阻绝，被榴弹和臼炮的炮弹打的七零八落，晋藩来来回回的冲击，就是不越过护城河，逼着三汉藩站在城墙缺口挨炮击。
三汉藩的藩下兵确实精强，表现出充足的作战意志，但在黑火药与钢铁面前，人的意志和肉体都是无比脆弱的，臼炮和榴弹炮就像巨人手中的铁锤一般，轮番敲打三汉藩这块烂铁，每次敲击停止之后，就会有悠长的号角声响起，接下来要么是俘虏组成的填壕队，要么是扛着竹筏的跳荡兵，三汉藩的士兵被将领用刀背送上缺口，继而又是榴弹炮的炮声和榴弹的爆炸声。
广州也有火炮，但是能部署在城墙的也只有佛郎机、的胜炮之类的小炮，那些红夷炮看似威武，但在城墙上没有用武之地，红夷炮光是炮身就有三米，加上炮车及支撑结构就有五米，每次后座总会超过四米，六米宽的广州城墙实在是施展不开，而汉藩又不敢驻扎城外，红夷炮只能扔在城里吃灰。
汉藩发现，守城墙完全是赔本买卖，己方被炸的七零八碎，却连对手的衣角都摸不着，完全是单方面屠杀，但就此放弃城墙又实在不甘心，尚可喜再次祭出谈判法宝，这个时候，他已经知道两广已经是晋藩和琼藩的藩地了，所以他不奢求藩地，只是要求投降之后，可以被永历天子封王，尚可喜只求蜀王，将四川作为其藩地，而由其自己去夺，这个要求并不算高，可见识到合众国攻城能力的李定国反倒是不愿意了，其对平藩使者道：“我已经为文秀求蜀王之位，焉能再许之于你，岂不是挑拨我兄弟关系！”
得到消息的尚可喜选择拼命，他命令士兵退入城内开战巷战，广州城市够，东城也有三条二十米宽以上的城内河流，不怕没有依托，而平藩退了之后，李明勋阻止了晋藩进城，而是选择徐徐图之，工兵渡河，对两侧城墙进行爆破，把原本只有百米的缺口扩到了五百米，在两侧城墙上布置了轻型榴弹炮和陆战队的小型臼炮以及猎兵、掷弹兵，在缺口修筑了三个炮垒，布设了十二磅和六磅野战炮，由于东护城河很宽，又是珠江支流，若是填壕，则会导致水漫灌，因此陆军动用舟桥营，用四天时间修筑了两条浮桥和一条重载木桥，如此，盟军彻底控制了缺口。
李明勋混编了三支营级部队展开进攻，把晋藩跳荡兵、舟桥兵、爆破工兵和掷弹兵混乱其中，并且把炮身只有七十五斤的陆战队用二十四磅炮、陆军用二十四磅榴弹炮加强给前线部队，一路拆迁前进，遇到房屋便是用榴弹炮轰击，然后掷弹兵和跳荡兵进行扫荡，一路前进，一路废墟一杀戮，血腥的城防战彻底变成了物资消耗战，用火药和钢铁去换敌人的性命，这是合众国的一贯追求，如今终于成为现实。